Daerah SasaranDaerah sasaran program ini adalah kabupaten yang termasuk kategori daerah 3T di delapan provinsi, yaitu Provinsi Aceh, Kepulauan Riau, NTT, Kalimantan Timur, Kalimantan Barat, Sulawesi Utara, Papua, dan
Papua Barat. Kabupaten yang menjadi sasaran program SM-3T tahun 2012 adalah yang tergolong daerah 3T berdasarkan kriteria dari Kementerian Pembangunan Daerah Tertinggal.
1. Provinsi Aceh:
a. Kabupaten Simeulue
b. Kabupaten Aceh Singkil
c. Kabupaten Aceh Selatan
d. Kabupaten Aceh Timur
e. Kabupaten Aceh Barat
f. Kabupaten Aceh Besar
g. Kabupaten Gayo Lues
h. Kabupaten Pidie Jaya.
2. Provinsi Nusa Tenggara Timur, antara lain:
a. Kabupaten Sumba Timur
b. Kabupaten Kupang
c. Kabupaten Lembata
d. Kabupaten Flores Timur
e. Kabupaten Ende
f. Kabupaten Ngada
g. Kabupaten Alor
h. Kabupaten Manggarai
i. Kabupaten Rote Ndao
j. Kabupaten Manggarai Timur
3. Provinsi Sulawesi Utara
a. Kabupaten Talaud
b. Kabupaten Sangihe
c. Kabupaten Siau Tagulandang Biaro
4. Provinsi Papua
a. Kabupaten Biak Numfor
b. Kabupaten Waropen
5. Provinsi Papua Barat
a. Kabupaten Manokwari
b. Kabupaten Raja Ampat
c. Kabupaten Teluk Bintuni
d. Kabupaten Sorong
6. Provinsi Kepulauan Riau
a. Kabupaten Natuna
b. Kabupaten Kepalauan Anambas
7. Kalimantan Barat
Kabupaten Sanggau
8. Provinsi Kalimantan Timur
a. Kabupaten Malinau
b. Kabupaten Nunukan
c. Kabupaten Kutai Barat
Di luar daerah tersebut di atas dimungkinkan untuk menjadi daerah sasaran program ini sepanjang memenuhi persyaratan sebagai daerah